Но главное: во главе следственной комиссии был Василий Шуйский

Но главное: во главе следственной комиссии был Василий Шуйский, незадолго до этого вернувшийся из ссылки, куда он попал по воле Бориса Годунова. Как считают историки, назначение Шуйского главой комиссии санкционировала Боярская дума, но предложение об этом могло исходить от Годунова – Борис понимал, что смерть Дмитрия обязательно припишут ему. Поэтому он и мог предложить кандидатуру Шуйского, нисколько не сомневаясь, что тот будет «землю рыть», чтобы найти хоть малейшую зацепку для обвинения Годунова в смерти Дмитрия – это был гениальный ход человека невиновного в убийстве царевича!
В комиссию, кроме Шуйского и различных мелких чинов, входили окольничий Клешнин, думный дьяк Вылузгин, церковь направила для надзора за следствием митрополита Гелвасия. Расследование велось максимально тщательно, были опрошены сотни людей. Допросы происходили публично, во дворе Кремля, в присутствии десятков и сотен (быть может) любопытных. При таком ведении дела фальсификация показаний и давление на свидетелей были полностью исключены – члены комиссии придерживались, если выражаться современным языком, различной политической ориентации и каждый зорко следил за каждым, готовясь воспользоваться любой оплошностью. Главными свидетелями гибели царевича были четверо мальчиков, мамка Волохова, кормилица Тучкова, постельница Колобова. Их показания и легли в основу заключения комиссии о гибели Дмитрия в результате несчастного случая, и это тогда, в 1591 г., признала вся Россия! 400 лет изучали историки «угличское дело», и никто не обращал внимание, что на вопрос следователей мальчикам: «Хто в те поры за царевичем были?» (Кто был рядом в момент происшествия?), мальчики дружно отвечали, что только они четверо, «да кормилица, да постельница!». Вот так – Василису Волохову они не упоминали и, следовательно, её не было рядом в момент гибели Дмитрия! Где же она была?
Мария Нагая допросам не подвергалась – следователи не рискнули допрашивать пусть бывшую, но всё же царицу, но известно, что Мария и её брат Андрей в момент гибели царевича сидели за обедом.